Rzeźby: św. Alojzego Gonzagi i św. Ottona z Bambergu
W transepcie zobaczyć można jeszcze kilka zabytków należących do pierwotnego wyposażenia świątyni. W jego ramionach po stronie północnej znajdują się drewniane i polichromowane rzeźby dwóch świętych, ujęte neogotycka oprawą snycerską. Ustawione na konsolach z zapieckami, zwieńczone zostały baldachimami o ażurowej dekoracji maswerkowej. W lewym ramieniu transeptu umieszczono figurę św. Alojzego Gonzagi, zaś w prawym św. Ottona z Bambergu.
Święty Alojzy Gonzaga przedstawiony został jako nowicjusz zakonu jezuitów w sutannie i komży z krucyfiksem i gałązką w dłoniach. Kult św. Alojzego był szczególnie popularny w XIX i XX wieku. Ten żyjący w drugiej połowie XVI stulecia jezuita wyróżniał się żarliwą pobożnością i surowymi praktykami pokutnymi. Zmarł w Rzymie w wieku dwudziestu trzech lat, niosąc pomoc podczas panującej zarazy. Został kanonizowany w 1726 roku, zaś trzy lata później ogłoszony patronem młodzieży. Przy niektórych kolegiach jezuickich od połowy XVIII wieku istniały konfraternie św. Alojzego. Około 1840 roku ojciec Basile (jezuita) założył Stowarzyszenie NMP Niepokalanej i św. Alojzego Przeciw Niegodziwym Mowom i Żartom, które w 1865 roku zaaprobował papież Pius IX. Powstawać wówczas zaczęły liczne zakony oraz stowarzyszenia pod wezwaniem tego świętego. Wśród wielu organizacji katolickich istniejących w dziewiętnastowiecznym Szczecinie działał również Związek św. Alojzego Gonzagi (męski). W kościele pw. św. Jana Chrzciciela co roku 21 czerwca obchodzono uroczyście jego święto. W dniu tym młodzież licznie gromadziła się przy ołtarzu, stojącym wówczas pod figurą św. Alojzego, modląc się i śpiewając religijne pieśni.
Święty Otton z Bambergu ukazany został w stroju pontyfikalnym z pastorałem i księgą w dłoniach. Jako misjonarz Pomorza Zachodniego, który swą akcję szerzenia wiary podjął w 1124 roku, otaczany był szczególną czcią przez tutejszych katolików. Świadczą o tym wielkie uroczystości, które odbywały się w kościele w 1924 roku z okazji 800-lecia chrystianizacji tych ziem.