Ołtarz główny Matki Boskiej Królowej Świata
Połączenie elementów powstałych w różnym czasie znalazło swój najdobitniejszy wyraz w sposobie potraktowania ołtarza głównego, będącego wynikiem kompilacji elementów zabytkowych z powstałymi współcześnie. Niezwykle okazale prezentuje się jego nastawa, wykonana na początku lat sześćdziesiątych XX wieku przez nieżyjącego już artystę i konserwatora zabytków prof. Leonarda Torwirta z Torunia. Została ona ustawiona na mensie i antepedium pierwotnego neogotyckiego ołtarza z 1890 roku i zwieńczona przymocowaną do nowego drzewca neobarokową figurą Chrystusa Ukrzyżowanego z końca XIX wieku.
Pierwotny krzyż wraz z rzeźbą do początku lat sześćdziesiątych XX wieku eksponowany był w kruchcie. Krucyfiks ten został podobno ofiarowany kościołowi przez parafian z Rugii jako wotum podczas zarazy panującej na początku XX wieku.
Drewniane neogotyckie antepedium mensy, podzielone kolumnami na trzy części, zdobią płyciny z płaskorzeźbioną dekoracją figuralną. Pomiędzy sylwetkami modlących się aniołów ukazana została scena Ofiarowania Izaaka. Znana z długiej tradycji obrazowej ikonografia tego tematu początkami sięga III wieku. Jej źródłem jest starotestamentowy opis próby, jakiej Bóg poddał Abrahama (Rdz. 22,1-19) żądając złożenia w ofierze jedynego syna. Heroiczna wiara i posłuszeństwo Abrahama sprawia, że Bóg zmienia zdanie, powstrzymując go przez anioła. Wymowa aktu tej ofiary, będąca przedmiotem teologicznych komentarzy, jest bardzo złożona. Ojcowie Kościoła dostrzegali w Izaaku zapowiedź męki Chrystusa jako Jednorodzonego, ofiarowanego przez Boga dla zbawienia ludzkości. Baranek, poświecony zamiast Izaaka, symbolizuje Chrystusa Ukrzyżowanego. Częste występowanie tej sceny w ołtarzach głównych wiąże się z interpretacją ofiary złożonej przez Abrahama jako prefiguracji ofiary eucharystycznej.
Nastawa ołtarza jest rodzajem pastiszu odwołującego się do gotyckiego malarstwa tablicowego. Wyraźne naśladownictwo gotyku dotyczy wszystkich użytych środków wyrazu - formalnych, stylistycznych, jak i ikonograficznych. Malowana na podłożu drewnianym, ma formę tryptyku z parą ruchomych skrzydeł bocznych. Na złotym tle, tłoczonym w ornamentalne wzory, otwarty tryptyk prezentuje Matkę Boską Królową Świata pomiędzy świętymi. W kompozycji tej - wyraźnie nawiązującej do schematu gotyckiej Sacra Conversazione - Maria w koronie unoszonej przez anioły przedstawiona została z błogosławiącym Dzieciątkiem Jezus w asyście świętych. Towarzyszą jej św. Jan Chrzciciel odziany w skórę, ukazany z krzyżem i barankiem (patron kościoła) oraz św. Jakub Starszy Ap. z księgą i sakwą (patron parafii). Uczestnikami tej sceny są również dwaj biskupi w strojach pontyfikalnych - św. Wojciech z wiosłem jako atrybutem (patron Polski) i św. Otton z Bambergu z modelem kościoła w dłoni (misjonarz Pomorza). W aureolach okalających głowy świętych zostały wytłoczone ich imiona, zaś w górnych partiach kompozycji powiewają banderole z napisami. Ponad sylwetką św. Wojciecha BOGURODZICA DZIEWICA, powyżej św. Ottona KRÓLOWA POKOJU, a ponad św. Janem Chrzcicielem OTO BARNEK BOŻY.
Zamknięty tryptyk wraz z dodanym w zwieńczeniu krucyfiksem tworzy małarsko-rzeźbiarską grupę Ukrzyżowania. Sylwetki Marii i św. Jana Ewangelisty, namalowane na barwnym ornamentalnym tle, mają aureole z napisami OTO MATKA TWOJA i OTO SYN TWÓJ. Na szczególną uwagę zasługuje figura Chrystusa Ukrzyżowanego o subtelnym modelunku ciała i drobiazgowo oddanych szczegółach układu mięśni i ścięgien.
Odmiennie w stosunku do wzorów średniowiecznych została opracowana Torwirtowska predella ołtarza. Scena widoczna z lewej strony kompozycji to Chrzest Chrystusa w Jordanie, zaś z prawej - Chrzest Pomorza przez św. Ottona z Bambergu. Widoczna pośrodku ruina obecnej katedry szczecińskiej (przesłonięta przez tabernakulum) upamiętnia jej stan zachowania po pożodze wojennej. Pojawienie się tego motywu w programie ideowym predelli dowodzi, iż ołtarz w zamyśle zleceniodawców był pierwotnie przeznaczony właśnie dla kościoła pw. św. Jakuba, odbudowanego dopiero na początku lat siedemdziesiątych XX wieku. Malarskie sceny predelli zamyka górą napis - MARYJO KRÓLOWO POLSKI i ujmują podwieszone po bokach tarcze herbowe - z orłem piastowskim i gryfem szczecińskim.
Oprócz mensy i antepedium w kościele zachowało się również tabernakulum pierwotnego ołtarza głównego, które przeniesiono do dawnej kaplicy chrzcielnej. Jego mosiężne drzwiczki pokryte zostały emalią żłobkową z „graficznie" oddaną sceną Zwiastowania NMP. Źródłem ikonograficznym tego tematu - towarzyszącego chrześcijaństwu od zarania jego dziejów - jest ewangeliczna zapowiedź Wcielenia przyniesiona Marii przez archanioła Gabriela (Łk. 1,26-38). Powszechność tego tematu w sztuce związana jest ze szczególną pozycją Marii w zbawczych planach Stworzyciela, przywilej Macierzyństwa Bożego wprowadził ją bowiem w specjalny związek z Trójcą Świętą. Według poglądów żyjącego w V wieku Dionizego Pseudo-Areopagity -„najpierw blask Boży przypadł w udziale aniołom, a dopiero za ich pośrednictwem objawienie tajemnic ponadnaturalnych danym zostało człowiekowi". W scenie Zwiastowania eksponowanej na drzwiczkach tabernakulum Maria i wysłannik Boga toczą rozmowę, od której zależą losy świata, ukazani na tle trójlistnych arkad umownie zaznaczonej neogotyckiej architektury. Zwykle artyści ilustrują wybraną tylko fazę dialogu Marii z archaniołem. Nieznany twórca tej kompozycji połączył dwa epizody wydarzenia. Z lewej strony widzimy nadchodzącego archanioła z rozłożonymi jeszcze skrzydłami - symbolem boskiej misji, trzymającego banderolę z pozdrowieniem AVE MARIA, z prawej zaś przyszłą Matkę Zbawiciela w chwili udzielenia odpowiedzi na poselstwo anielskie ECCE ANCILLA DOMINI, wyrażonej gestem dłoni, którą składa z pokorą na piersi.